Ich hatte beim gleichen Fahrzeug das gleiche Problem und habe es mit viel Zeit analysiert und auch behoben.
Meine Analyse und Behebung habe ich noch nirgendwo im Internet oder Youtube noch bei Audi gesehen.
Kurzum: Wenn die 4 Abläufe frei sind, was oft der Fall ist, kommen 2 weitere Ursachen in Frage:
1. Wer nach Regen oder Waschstraße ein nasses Windschott hat (das darf nie naß sein): Das ablaufende Wasser kommt mit dem im geschlossenen Zustand gefalteten Windschott in Berührung, wodurch sich dieses vollsaugt und dann abtropft - die Schale, in der das Windschott in geschlossenem Zustand lagert ist nach unten NICHT abgedichtet. Das Wasser läuft dann über beide A-Säulen in den Fußraum, mitunter auch vom Dachhimmel, wo die Schalter sind. Die Lösung ist auf den Photos zu sehen.
2. Ich mußte außerdem noch das hier zusätzlich machen: Das ablaufende Wasser läuft teilw über die Hörner des Windschotts (gemeint sind die links und rechtsseitigen Höcker, welche beim Zufahren des Schiebedachs das Windschott nach unten drücken in die Ruhestellung). Diese Höcker bleiben im geschlossenen Zustand mit dem Schiebedach in Kontakt. Hier hilft es eine kleine Plastiktüte (auf den Photos ist diese Variante nicht zu sehen) wie einen Regenschirm über den Höcker zu legen, bevor das Dach zufährt.
Ich hatte massiven Wassereinbruch in beiden Fußräumen vorne und tropfendes Wasser von der Schaltarmatur im Dachhimmel-Mitte. Durch diese Maßnahmen vollständig behoben - und das seit einem Jahr.
Ich nutze mein Schiebedach nur noch in Kipp-Position, das reicht mir.